Es el principal paso natural entre los océanos Pacífico y Atlántico. El estrecho lleva el nombre del navegante Fernando de Magallanes que lo descubrió en 1520 durante la expedición española a las Molucas.

Administrativamente, pertenece a la región de Magallanes y de la Antártica Chilena, el territorio chileno más austral.⁴​

De acuerdo a la Organización Hidrográfica Internacional, su boca oriental está determinada por la línea que une el cabo Vírgenes con el cabo del Espíritu Santo.¹​ Sin embargo, este límite no coincide con lo establecido en el Tratado de 1984, firmado por Argentina y Chile, que estableció en su artículo 10.º que «el término oriental del Estrecho de Magallanes [está] determinado por punta Dungeness en el Norte y cabo del Espíritu Santo en el Sur»,⁵​ considerándolo íntegramente dentro de la jurisdicción de Chile, en la región de Magallanes y de la Antártica Chilena.

Otra parte integrante de este desierto corresponde a una ecorregión denominada puna de Atacama, ubicada sobre los 3500 m s. n. m. y que es compartida por la vertiente occidental de la cordillera de los Andes en el norte de Chile, y por la vertiente oriental de la misma en el noroeste de Argentina y suroeste de Bolivia.

Esta ecorregión chilena es rica en recursos minerales metálicos —como cobre (Chile es el mayor productor del mundo y cuenta con el 28 % de las reservas mundiales),¹³​¹⁴​¹⁵​ hierro, oro y plata— y no metálicos —entre los que destacan importantes depósitos de boro, litio (Chile cuenta con el 39 % de las reservas sudamericanas),¹⁶​ nitrato de sodio y sales de potasio—. También se destaca la bischofita, una sal de magnesio extraída del salar de Atacama, usada como agente apelmazante en la construcción de caminos. Estos recursos son explotados por varias empresas mineras, como Codelco, la mayor compañía cuprífera del planeta,¹⁷​ Lomas Bayas, Mantos Blancos y Soquimich. Es el «lugar con mayor radiación solar del planeta», superando los siete kilovatios hora por metro cuadrado, por ende, el «lugar con mayor potencial de energía solar del planeta